Кафедра анатомии, физиологии и клинических основ дефектологии была организована в 1979 году, она являлась первой медицинской кафедрой на дефектологическом факультете. Сейчас является единственной в Москве.

На ней в тесном сотрудничестве с момента основания работали, и сегодня продолжают работать преподаватели – врачи и биологи. Их совместные усилия обеспечивают комплексный медико-педагогический подход к изучению и преодолению недостатков лиц с ограниченными возможностями здоровья.
Организатором и заведующим кафедрой анатомо-физиологических основ дефектологии был доктор медицинских наук, профессор Л.Ф. Гаврилов. В настоящее время руководит кафедрой Т.М. Уманская.

Коллектив кафедры продолжает традиции своих предшественников: участвует в развитии научных основ медико-биологической подготовки будущих дефектологов, проводит медико-психолого-педагогические консультации детей, консультирование родителей, участвует в пропаганде дефектологических знаний и профилактике отклонений в психофизическом развитии детей.

На кафедре работают врачи разных специальностей, обеспечивающие преподавание основ медицинских дисциплин студентам дефектологического факультета и  «Возрастной физиологии» студентам других факультетов МПГУ.

Кафедра  осуществляет знакомство с системой дефектологического образования в Европе и организует совместные поездки преподавателей и студентов в Германию по обмену опытом.