В структуре ИСЛИ имеется три лаборатории – Лаборатория общей лингвистики и теории грамматики, Лаборатория лингвистической типологии и Лаборатория общей семантики.
Научный руководитель ИСЛИ – Антон Владимирович Циммерлинг.
Административный директор ИСЛИ – Мария Владимировна Трубицина.
