Ежегодно учреждения высшего образования Российской Федерации проходят мониторинг эффективности деятельности вузов. По итогам мониторинга Анапский филиал МПГУ признан эффективным по всем показателям, в том числе образовательная деятельность, научно-исследовательская деятельность, финансово-экономическая деятельность, приведенный контингент, дополнительный показатель.