Основа собрания была заложена в период расцвета Высших женских курсов в 1905-1914 годах. Начало ей положил минералогический музей, созданный В.И. Вернадским. Коллекция постепенно приобретала образцы минералов и горных пород в фирмах Гейдельберга, Бонна и Мюнхена. В дальнейшем коллекции пополнялись благодаря сборам образцов во время экспедиций преподавателей кафедры.
В настоящий момент геолого-минералогическая коллекция МПГУ состоит из двух отделений: минералого-петрографического и палеонтологического. Коллекция содержит 4000 экспонатов минералов и горных пород и около 2000 окаменелых остатков ископаемых организмов, расположенных в двух аудиториях, оснащенных соответствующим музейным оборудованием. Многие образцы являются уникальными и не имеют аналогов в России.
