Основатель зоологической коллекции МПГУ – А.Ф. Котс, известный ученый-эволюционист, создатель, хранитель и первый директор Дарвиновского музея. С 1907 года он проводил на МВЖК занятия по эволюционному учению. Свою разросшуюся коллекцию он перенес в помещение МВЖК в Мерзляковском переулке с целью использования ее в учебном процессе. В 1913 году несколько тысяч ценнейших экспонатов подарены А.Ф. Котсом МВЖК. В 1922 году Музей эволюционной истории МВЖК становится самостоятельным научно-просветительным учреждением Дарвиновским музеем.
Часть коллекций А.Ф. Котса, оставшихся после создания Дарвиновского музея в качестве учебных пособий, послужили основой современной экспозиции музея зоологии МПГУ. В экспозиции и фондах музея находится более 1000 единиц хранения.
