Кафедра экологии и природопользования была образована как кафедра экологии в структуре биолого-географического факультета Московского государственного открытого педагогического университета им. М.А. Шолохова в 2004 году и осуществляла выпуск студентов по специальности 020801 Экология.
Первым заведующим кафедрой был доктор педагогических наук, профессор, действительный член Международной академии наук (Русская секция) Станислав Николаевич Глазачев.
В 2015 году кафедра экологии и природопользования вошла в структуру Географического факультета Московского педагогического государственного университета.