Фонды Музея состоят из основного и научно-вспомогательного фондов. Основной фонд состоит из тематических коллекций по профилю Музея.
Список и шифры фондовых коллекций Музея МПГУ:
- Фондовая коллекция № 1 «Персоналии» –К1;
- Фондовая коллекция № 2 «МВЖК 1 ноября 1872 г. – 15 октября 1918 г.» ‑ К2;
- Фондовая коллекция № 3 «Второй МГУ 16 октября 1918 г. – 17 апреля 1930 г.» ‑ К3;
- Фондовая коллекция № 4 «МГПИ 18 апреля 1930 г. – 21 июня 1941 г.» ‑ К4;
- Фондовая коллекция № 5 «МГПИ им. В.И. Ленина 22 июня 1941 г. – 2 сентября 1945 г.» ‑ К5;
- Фондовая коллекция № 6 «МГПИ им. В.И. Ленина 3 сентября 1945 г. – 22 мая 1960 г.» ‑ К6;
- Фондовая коллекция № 7 «МПГУ 1 августа 1990 г. по настоящее время» ‑ К7;
- Фондовая коллекция № 8 «Копии документов из архивов г. Москвы» ‑ К8;
- Фондовая коллекция № 9 «МГПИ им. В.И. Ленина 23 мая 1960 г. – 31 июля 1990 г.» ‑ К9;
- Фондовая коллекция № 10 «Коллекция произведений русского и зарубежного искусства XVIII – первой половины ХХ в. академика В.П. Потемкина) – К10;
- Фондовая коллекция № 11 «Коллекция зоологии и экологии имени профессора А.Ф. Котса Института биологии и химии» ‑ К11;
- Фондовая коллекция № 12 «Геолого-минералогическая коллекция Географического факультета» ‑ К12;
- Фондовая коллекция № 13 «Ботаническая коллекция “Гербарий имени профессора А.Г. Еленевского (международный акроним MOSP)” Института биологии и химии» ‑ К13;
- Фондовая коллекция № 14 «Частная коллекция спорта и Олимпийского движения семьи Спичковых» ‑ К14.
Шифр фондовой коллекции является одновременно и шифром соответствующей инвентарной книги.
