Доктор исторических наук (1976), профессор (1978). Почетный профессор МПГУ (2008). Заслуженный деятель науки РФ (1994).
С 1983 г. заведующий кафедрой новейшей отечественной истории. Работал в должности декана, неоднократно избирался на должность профессора. Им подготовлено 20 докторов и 30 кандидатов исторических наук.
Э.М. Щагин – признанный в профессиональном сообществе специалист
в области проблем истории крестьянства России, политических партий, общественных организаций русского зарубежья.
Автор свыше 217 публикаций, в т.ч. 6 монографий, 1 учебника
и 6 учебных пособий для высшей и общеобразовательной школы.
Принимал активное участие в деятельности общественных организаций: член экспертного совета по истории ВАК РФ, член организационного комитета симпозиума по аграрной истории стран Восточной Европы, член проблемного научного совета по аграрной истории Академии наук СССР, член диссертационного совета российской истории РАН, председатель диссертационного совета МПГУ. Работал в составе аттестационной комиссии МПГУ (1993).
Награжден орденом «За заслуги перед Отечеством» IV степени, медалями «За доблестный труд», «Отличник просвещения СССР».
